1. 使用此模式进行养殖，首先前期的成本投入是比较高的，需要花费大量资金用于工厂的基础设施建设，而对于一些小型的养殖户来说就比较困难一些。不过这种投资一般都是一次性的投资，也就是建成后使用的寿命会比较高一些。
2. 在进行工厂化的循环水养殖中，需要用到很多种类的工艺，相对来说是比较复杂的。而且使用这种模式进行水产养殖的话，需要使用的相关设备是通电的，所以运行设备的成本也不小。
3. 新型的工厂化循环水养殖方式和技术与传统的养殖不相同，传统的一些养殖方式是不能适用在这种工厂化的养殖模式中。
4. 工厂化养殖之后，因为投资是比较大的，上面也有说到过，所以盈利的话就需要养殖价值比较高的鱼类，这也是一个问题。
看到这里您可能觉得工厂化养殖存在的问题是比较多的，可能一部分人觉得不太值得。其实使用哪种方式养殖都是利弊都存有的，而且工厂化的发展也是未来的发展趋势。